电子工程系始创于1985年，创建初期有无线电物理一个硕士点和无线电技术一个本科专业。在校、院两级领导的关心、支持和全系教职工的努力下，我系逐步发展壮大，在教学、科研等方面均取得了很大的成绩。1992年无线电技术专业更名为电子信息工程专业，1994年设立通信工程专业，目前设有一级学科博士点“电子科学与技术”；一级学科硕士点“电子科学与技术”（下设“物理电子学”、“电路与系统”、“ 微电子与固体电子学”、“电磁场与微波技术”四个二级学科）；一级学科硕士点“光学工程” 以及“电子信息工程”、“集成电路设计与集成系统”两个本科专业和“电子与通信工程”、“集成电路工程”两个工程硕士专业。
我系的第一任系主任是许克平教授，第二任系主任是陈彩生教授，第三任系主任是许茹教授，第四任系主任是蔡志平教授，第五任系主任是张保平教授。我系的奋斗目标是在保证研究生、本科生教学质量稳步提高的基础上，出一批高水平的科研成果；建设一支学术造诣深、科研能力强、教学效果优的教师队伍；培养一批高素质的教学科研骨干，最终发展成为与学校同步的研究型教学科研单位。
目前电子工程系设有科研平台包括：“福建省集成电路设计与分析测试高校重点实验室”， “福建省集成电路设计工程技术研究中心”，“厦门市微纳电子器件与集成重点实验室”，“现代电路与系统技术研究所”、“光电子技术研究所”、“光波技术研究所”以及“微纳光电子研究室”。为了进一步加强产学研合作，推广科研成果的产业转化速度，正在筹建“厦门大学光电子工程技术研究中心”。
我系近几年来完成了包括国家863项目、国家科技支撑计划课题、国家自然科学基金、教育部重点项目、省自然科学基金、省重点科技项目在内的数十项不同层次的科研项目，研究水平达到国内领先、国际先进，并取得了数项省级优秀教学成果奖和多项校级优秀教学奖。
作为工科院系，在加强理论知识教学的同时，特别注重动手能力的培养，在实验室建设方面投入了大量的人力物力，建立了一些覆盖面较广，功能较完善的实验室，为学生实践能力的培养创造了良好的条件。为激发学生的学习积极性，我系与企业联系，创立了厦华奖学金、歌乐旺奖学金、TCL奖学金等，由此我系学生除获学校奖项的机会外，每年还有20名左右的系级奖项名额。
人类崭新的21世纪，是一个以现代电子科技为强力支撑的信息社会。信息全球化的浪潮必将给电子工程系带来无穷的机遇，带来对电子工程人才的强烈需求，使电子工程系蓬勃发展壮大。
