厦门大学南海研究院是在朱崇实校长的倡议支持下于2012年5月成立并于同年11月3日正式挂牌运行，是由海内外知名学者傅崐成教授带领并组织多领域研究人员形成的，以南海问题为主要研究对象的跨学科综合性研究机构。研究院的建立旨在研究南海相关问题并提供政策咨询。
厦门大学南海研究院结合厦门大学在东南亚、国际法学及海洋学等研究方面的综合学科优势，加强在南海问题上的研究，力争建设中国高校第一个以南海问题为研究对象、以相关政策和法律为主轴的国家智库。
厦门大学南海研究院已对南海问题做了大量基础性及拓展性研究，并加强与南海问题相关国际组织、海峡两岸及海外相关学术机构的联系，积极推进国内外及海峡两岸人员的双向流动，成为国家南海法律与政策研究的智库。厦门大学南海研究院是一个研究南海最前沿问题的科研平台，致力于为国家培养南海问题法律、政策及相关领域人才，成为南海研究的高层次创新人才培养基地。
主要研究领域：
1、海洋政策与法律
2、海洋划界与维权
3、海洋国际关系
4、航行安全与海上执法
5、海峡两岸海洋合作
6、海洋环境保护与资源管理
7、海洋史地与水下文化遗产
8、中国海疆的历史文化档案资料
9、21世纪海上丝绸之路
