厦门大学从事工商管理教育和研究历史悠久。早在 1921 年厦门大学创建之时就成立了商学部，并设立工商企业管理科系。 在1953 年的全国院系调整中，企业管理系被调整到上海财经学院。 1979 年，在厦门大学经济系计划统计专业企业管理教研室的基础上，恢复了企业管理专业，并于翌年招收了企业管理专业本科生， 1982 年开始招收企业管理专业硕士研究生。 1982 年厦门大学在全国率先成立了经济学院，企业管理专业与会计学专业合并组成了 “会计与企业管理学系”，招收、培养会计专业和企业管理专业的本科生和研究生。 1985 年，单独设立了企业管理学系， 1999 年企业管理学系与工商管理中心、会计学系、旅游管理系、管理科学系共同组成管理学院。
厦门大学企业管理系拥有一支学科结构合理、来源多样化、素质高、年轻化的专业教师队伍，现有专职教师 25 人，其中教授 7人，副教授 9 人，70% 以上的教师具有博士学位，一半以上的老师曾在国外学习、进修或进行短期访问。在全体教师的共同努力下，厦门大学企业管理系在教学、科研和社会服务方面均取得了显著的成绩。在教学科研之余，厦门大学企业管理系的老师们还积极主动地参与到祖国经济建设的大潮中，以多样化的形式服务于地方政府和企业，为海西经济的发展作出了巨大贡献。特别是企业管理系举办的企业管理专业研究生课程进修班和各种类型的企业管理培训项目为厦门市及省内外企业培训了大批企业高级管理人才。
厦门大学企业管理系学科优势突出，企业管理学科于1999年被评为福建省省级重点学科，2007年被评为国家二级重点学科。自成立以外，企业管理系已经为社会输送了近2000名优秀本科毕业生和500多名优秀的硕士和博士研究生。目前，企业管理系除了招收工商管理专业和人力资源管理专业的本科生以外，还招收企业管理和市场营销学两个专业的硕士生和博士生，同时，设有工商管理博士后流动站。
